遺伝子文献情報連携システム

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	遺伝子文献情報連携システム“Gene Linker to bibliography(GenLibi)”


	遺伝子文献情報連携システム“Gene Linker to bibliography(GenLibi)”は、ＪＳＴ文献情報から得られる遺伝子機能や関連する疾患／表現型を提供するためのシステムです。テスト版では、ヒト、ラット、マウスの遺伝子について、遺伝子、蛋白質、多型、パスウェイ(代謝経路や生命現象の回路図)、疾患／表現型、オーソログ／アミノ酸配列を合わせて提供しています。

データ情報源

データベース名	ファイル名	内容
EntrezGene	Homo_sapiens.gene_info.gz Mus_musculus.gene_info.gz Rattus_norvegicus.gene_info.gz generifs_basic.gz	遺伝子名、遺伝子略称名、遺伝子機能のまとめ、遺伝子機能を記述している文献のPubMedID、文献の標題、機能の記述部分参考： GeneRIF(Gene Reference Into Function)
RefSeq	human.rna.gbff.gz mouse.rna.gbff.gz rat.rna.gbff.gz	遺伝子名、遺伝子略称名、遺伝子機能のまとめ、遺伝子機能を記述している文献のPubMedID、文献の標題、機能の記述部分参考： GeneRIF(Gene Reference Into Function)
HGNC		遺伝子名、遺伝子略称名 Gene Nomenclature Committee(HGNC)のID
KEGG PATHWAY	Pathway_list ncbi-geneid.list	パスウェイ情報へのリンク先
REACTOME	homo_sapiens. interactions.txt.gz	リアクトーム情報へのリンク先
KEGG SSDB	best-best neighbors files, forward best neighbors files	ヒト、マウス、ラット、酵母の相互間のオーソログ情報に相当する関係、アライメント情報
ＪＳＴ文献情報データベース（テスト版）	JSTPlus file JMEDPlus file	遺伝子に関連する文献情報から、ＪＳＴスタッフが抽出した遺伝子名、蛋白質名、遺伝子関連疾患名や表現型

	注記：ＪＳＴ文献情報データベースは書誌事項の他、抄録やキーワード、分類を提供しています。利用は有料です。 http://pr.jst.go.jp/jdream2/
	ＪＳＴＰｌｕｓファイルは、科学技術分野の世界各国の文献情報を収録。
	ＪＭＥＤＰｌｕｓファイルは、日本で出版されている医学・薬学・看護学の文献情報を収録。

リンク先データベース一覧

データベース名	ＵＲＬ
EntrezGene	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=gene
HGNC	http://www.genenames.org/
MGI	http://www.informatics.jax.org/
Genes	http://www.rgd.mcw.edu/tools/genes/
RefSeq	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/
GenBank	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/
NCBI Map_Viewer	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/
GO; Gene Ontology	http://www.godatabase.org/
Enzyme EC number	http://www.expasy.org/cgi-bin/nicezyme
UniProt	http://www.pir.uniprot.org/
JSNP	http://snp.ims.u-tokyo.ac.jp/
dbSNP	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/
KEGG PATHWAY	http://www.genome.jp/
Reactome	http://www.reactome.org/
OMIM	http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=OMIM
JST databases	http://pr.jst.go.jp/jdream2/ Japanese only
PubMed	http://www.pubmed.gov
SGD(yeast)	http://db.yeastgenome.org/
HuGE Navigator	http://www.hugenavigator.net/
J-GLOBAL	http://jglobal.jst.go.jp/ Japanese only

Gene reportで得られる情報

　　Gene_abstract（遺伝子）

項目	内容
Gene symbol	EntrezGeneへリンク EntrezGeneの遺伝子略称名あるいはHGNCの承認遺伝子略称名あるいはRefSeq mRNAの遺伝子略称名
Gene name	EntrezGeneの遺伝子名あるいはHGNCの承認遺伝子名あるいはRefSeq mRNAの遺伝子名
Official gene symbol	EntrezGeneの遺伝子略称正式名あるいはHGNCの承認遺伝子略称名
Official gene name	EntrezGeneの遺伝子正式名あるいはHGNCの承認遺伝子名
Gene name aliases	上記の遺伝子略称名や遺伝子名以外の略称や遺伝子名
HGNC_ID	HGNCへリンク HGNC_ID
Type	EntrezGeneのType
Entrez_Gene_ID	EntrezGeneへリンク EntrezGene_IDをGeneID表記の後ろに表示
RefSeq_ID_mRNA/gi	NCBIのRefSeq mRNAへリンク RefSeq mRNA_IDを表示、 GI：表記の後ろにNCBIの塩基配列固有のIDを表示
Organism/Taxon	生物学名（普通名称）
Genome_Browsers	NCBI Map Viewへリンク
Summary	RefSeq mRNAファイルに収録されている遺伝子機能をまとめたもの
Chromosome	染色体番号
Cytolocation
UniProt_ID	UniProtへリンク、UniProt IDを表示

　　Phenotype（表現型、疾患）

項目	内容
Phenotype_from_JST_bibliography	JST 文献情報から抽出した遺伝子関連疾患や表現型
JST_bibliography databases	JST文献情報で関連している文献のIDを表示 J-GLOBALへリンク	収録記事のタイトルを表示 PubMedへリンク
OMIM_link	OMIMへリンク
HuGE Navigator_link	HuGE Navigatorへリンク

　　Genes co-referred in GeneRIF（文献関連遺伝子）

項目	内容
Genes co-referred in GeneRIF	同一文献で同時にその機能が報告されている遺伝子の一覧とPubMed IDを表示したページへリンク関連遺伝子を一覧表示できる。

　　Bibliography（文献情報）

項目	内容
PubMed_ID_from_RefSeq	PubMedへリンク RefSeq mRNA>ファイルで遺伝子の機能を報告しているとして引用されている文献のPubMed IDを表示
PubMed_bib_link	PubMedへリンク PubMedの遺伝子単位の回答一覧へリンク
PubMed_ID_from_Gene_ontology	PubMedへリンク Gene_ontology 付与で引用されている文献のPubMed IDを表示
Gene_ontology Molecular_Function Biological_Process Cellular_Component	Gene ontology(GO)へリンク、参照文献はPubMedへリンク Gene ontologyのコードと内容を表示

　　Pathway（パスウェイ、代謝経路など）

項目	内容
KEGG_link	KEGG PATHWAYへリンク
Reactome	REACTOMEへリンク

　　Polymorphism（多型）

項目	内容
JSNP	JSNPの遺伝子情報ページへリンク
dbSNP	dbSNPの遺伝子情報ページへリンク

　　Ortholog/Protein_seq（オーソログ／アミノ酸配列）

項目	内容
Ortholog	相互に最も相同な蛋白質あるいは最も相同な蛋白質の遺伝子へリンク（ヒト、マウス、ラット、酵母間で比較） SGD（酵母）へリンクアライメント結果へリンク
Protein_sequence	JSTのblastp検索ページへリンクアミノ酸配列を表示

　　Gene_Detail（mRNA/Protein）

項目	内容
Gene symbol	EntrezGeneへリンク RefSeq mRNAの遺伝子略称名
Gene name	RefSeq mRNAの遺伝子名
Gene name aliases	上記の遺伝子略称名や遺伝子名以外の略称や遺伝子名
RefSeq_ID_mRNA/gi	NCBIのRefSeq mRNAへリンク RefSeq mRNA_IDを表示、 GI：表記の後ろにNCBIの塩基配列固有のIDを表示
Length/Mol_Type	塩基配列長／分子タイプを表示
Original GenBank_ID	GenBankへリンク RefSeq mRNA 配列の起源となるGenBankに登録されたmRNAのID
Protein name	蛋白質名
Protein name aliases	上記以外の蛋白質名
Enzyme_EC_number	Nicezymeへリンク、酵素番号を表示
RefSeq_ID_protein/gi	NCBIのRefSeq proteinへリンク RefSeq protein_IDを表示、 GI：表記の後ろにNCBIのアミノ酸配列固有のIDを表示